Dans un monde ou la paix régnait depuis des siècles deux puissantes armée: les Galbadiens et les Archadiens se sont réunis sous la meme banniere afin de prendre le controle du monde, en comptant sur le soutient matériel de la Shinra Industrial Corp.
L' Empire a déja conquerit les continent de Ivalice , sous la direction des Juges, ainsi que
le continent de Spira sous la juridiction des Guados mené par Seymour.
Seul trois continents continuent la lutte contre l'invasion ennemis, Le continent de Mist , le FF8 World avec son armée Eshtarienne, ainsi que le FF7 World, l'endroit ou se trouve Midgar le siege de la Shinra qui est assaillit par les forces rebelles mené par Tifa Lockart et Clad Strife.
Dans le monde de Spira, un espoir renait, la présence des Invokeurs , protégé par leur Gardians, qui apres leur pélerinage pourront acquerir l'Ultime Chimere pour mettre en déroute l'Empire.
Cependant un péleringe dure un an et le temps fait défault a l'Alliance. C'est pourquoi la Balamb Garden University plus connus sous le nom de BGU , forme ses Seeds , bataillon de force spéciales , afin de les envoyer pour soutenir les armées de Rabanastre et de Esthar afin de gagner du temps.